В манге «Наруто» рассказ ведётся о начинающих ниндзя, только-только окончивших академию и получивших «удостоверения» в виде повязок. Сразу же после окончания герои попадают во множество переделок и опасных ситуаций, находят друзей, встречают врагов.
Главная мечта главного персонажа — Наруто — стать самым лучшим ниндзя в своём селении, то есть Хокагэ. На пути к этой мечте стоит множество преград: окружающие, которые не признают Наруто и презирают его, скептически настроенные сверстники, учителя, считающие его самым худшим учеником. Со временем к этому списку добавляются и враги, настроенные весьма решительно. Но Наруто не сдаётся и своими поступками умудряется переубедить всех, в том числе и читателей.